Конференция по анализу и интерпретации геномных данных NGS, 15-17 октября 2013, Сан Франциско

15 - 17 октября 2013 года в Сан Франциско, США, состоялась концеренция, посвященная анализу данных NGS генетического секвенирования нового поколения ngsdata-analysis.com. Среди прочих обсуждались вопросы

Также выступал Maarten Leerkes (Genome Analysis Specialist, NIH) специалист по анализированию генома национального института здравоохранения США и поднял вопросы интеграции данных в области -омики (-omics) - геномы -- транскриптомы -- протеомы. Как создать платформу для надежного лавирования между различными уровнями понимания деятельности организма, то есть отработать процесс (pipeline) интеграции бисульфитного секвенирования (определения участков метилирования ДНК) -- РНК-секвенирования (транскриптом) -- и данные масс-спектрометрии белков для определения наиболее частых патологических паттернов и их взаимосвязей, открытия и описания путей развития заболеваний для интегративного анализа и персонального подхода к лечению пациентов.

Yuhao Lin, консультант Eli Lilly, поднял вопросы быстрого и дешевого способа хранения, передачи и обработки таких огромных массивов информации, Eugene Kolker, глава отдела биоинформатики исследовательского педиатрического института Сиэтла (Chief Data Officer, Head, Bioinformatics and High-throughput Analysis Lab, Seattle Children's Research Institute) обсуждал нарастающие инициативы по созданию понятной трансдисциплинарного среды с целью принимать пациент-центрические решения (Initiatives used in a transdisciplinary environment to make more informed patient centric decisions), а также преодолевать вызовы пяти "В" больших массивов данных: Volume (объем) Veracity (точность, достоверность), Velocity (скорость), Variety (разнообразие) и Value (ценность): Overcoming the challenges of the 5 Vs of Big data: Volume, Veracity, Velocity, Variety, and Value.

	Debasish Raha Formerly Manager, Scientific Research Genentech		Eugene Kolker Chief Data Officer Seattle Children’s Hospital
	Ghia Euskirchen Director, DNA Sequencing Program Stanford University		Johannes Freudenberg Scientific Investigator GSK Johannes Freudenberg is a Computational Biologist at GlaxoSmithKline where he focuses on integrative analyses of diverse, genome-scale transcriptomics, proteomics, and metobolomics data for target identification, indication expansion, and drug repurposing.
	Jun Li Senior Research Investigator, Translational Bioinformatics Bristol-Myers Squibb		Kai Wang Assistant Professor, Division of Bioinformatics University of Southern California
	Mauricio Carneiro Group Lead, Computational Technology Development Broad Institute		Maarten Leerkes Genome Analysis Specialist NIH
	Nikos Kyrpides Head, Microbial Genomics and Metagenomics Super Program DOE Joint Genome Institute		Olivier Elemento Head of Cancer Systems Biology Laboratory Weill Cornell Medical College
	Owen White Director, Bioinformatics Institute for Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine		Pek Lum VP of Solutions & Chief Data Scientist Ayasdi
	Qingqin Li Scientific Director, Neuroscience Biomarkers Johnson & Johnson		Todd Lowe Professor of Biomolecular Engineering at the University of California, Santa Cruz and Chief Scientist Maverix Biomics, Inc
	Victor Markowitz Senior Scientist & Department Head, Biological Data Management & Technology Center Lawrence Berkeley National Lab		Will Loging Director, Scientific Knowledge Discovery Boehringer-Ingelheim
	Xiang Yao Group Leader, Principal Scientist, Translational Informatics Johnson & Johnson		Yuhao Lin Associate Consultant, Informatics Capabilities Eli Lilly

Материал подготовила Марианна Иванова
октябрь 2013