Генетический ДНК анализ причин микрофтальма и анофтальма. Гены SOX2, OTX2, RAX, STRA6, VSX2(CHX10), PAX6

Требования к биологическому материалу для проведения теста

• кровь: 2-5 мл. цельной крови в ЭДТА. Доставка за 24 часа - в прохладной упаковке при комнатной температуре. Если доставка дольше, то можно заморозить образец течение 7 дней до отправки.
• букальный эпителий: может быть использован как альтернатива крови при секвенировании SOX2, OTX2, VSX2, STRA6 генов. Секвенирование RAX - только из венозной крови!
• пренатальная диагностика: 10 мл амниотической жидкости, 5 мг ворсин хориона, образец материнской крови.

Сроки и цены ДНК теста

Описание заболевания

Частота встречаемости заболевания в популяции 1:10 000 (PMID 15971507). Приблизительно 15000 человек в России, 30000 человек в СНГ, почти 1 млн человек во всем мире имеют микрофтальм и анофтальм. Анофтальмия - это полное отсутствие глазного яблока, самая серьезная форма структурной аномалии глаза, более мягкая выраженность этой аномалии - микрофтальмия, при которой длина глаза менее 21 мм (больше чем на 2 стандартных отклонения в популяции короче). Придаточный аппарат глаза при этом развит правильно. Сопутствующие симптомы могут проявляться как дисгенез переднего сегмента глаза, катаракта, хориоретинальная колобома, дисплазия сетчатки. Анофтальм/микрофтальм является признаком многих различных генетических аномалий, у 25% пациентов удается определять вид мутации. Самыми распространенными являются аномалии генов SOX2, OTX2, VSX2, SIX6, PAX6, RAX, STRA6. Внеглазные проявления включают врожденные пороки серда, когнитивные нарушения, мальформации легких, почек, лицевой дисморфизм.

OMIM номер (международная база данных наследования по законам Менделя у человека, см. словарь):

• 206900, 610125, 611038 (Микрофтальм),
• 606326 (SIX6),
• 184429 (SOX2),
• 600037 (OTX2),
• 142993 (CHX10, VSX2),
• 601881 (RAX),
• 610745 (STRA6).

Тип наследования (существующие типы наследования)

Гетерогенный тип наследования. SOX2, OTX2 и SIX6 - аутосомно-доминантный, VSX2, RAX и STRA6 - аутосомно-рецессивный тип наследования, некоторые мутации Х-сцепленные.

Причины проведения теста

1. Подтверждение клинического диагноза
2. Консультация клинического генетика, расчет вероятности заболевания
3. Пренатальная диагностика в семьях с известной мутацией

Метод проведения теста

Для ДНК, полученной из букального эпителия или из крови в ЭДТА, проводится двунаправленное секвенирование кодирующего региона SOX2 гена (единственный большой экзон), VSX2 (экзоны с 1 по 5), OTX2 (экзоны 3 по 5) и/или STRA6 (экзоны 2 - 19). Так как STRA6 обусловленная микрофтальмия имеет аутосомно-рецессивный тип наследования, то при обнаружении мутации только в одном аллеле этого гена, проводится дополнительная сравнительная геномная гибридизация для проверки наличия дупликаций/делеций в других участках этого гена. Также при показаниях проводится поиск делеций/дупликаций в перечисленных генах: SOX2, OTX2, VSX2, SIX6 и RAX. Мутация, найденная у пациента впервые в семье, всегда перепроверяется прямым секвенированием, проводится анализ фрагментов рестрикции. Также для анализа доступна общегеномный цитогенетический олигонуклеотидный тип исследования для выявления других хромосомных аномалий.

Чувствительность теста

• У 20 - 30 % пациентов обнаружены мутации в гене SOX2 . У пациентов с глазными и системными проявлениями синдрома Аксенфельда-Ригера частота мутаций 40%. Описано более 30 мутаций в этом гене (на 2012 год).
• У 15 - 25% пациентов обнаружены мутации в гене STRA6
• У 3% пациентов обнаружены мутации в OTX2
• У 2% пациентов обнаружены мутации в VSX2

Спектр мутаций

• OTX2 - нонсенс и сдвиг рамки считывания - самые распространенные мутации
• SOX2 - нонсенс, сдвиг рамки считывания и полная делеция гена
• VSX2 - в основном миссенс и делеция участка гена (в том числе полностью 3-ий экзон)
• SIX6 - миссенс мутация c.493A>G; T165A
• STRA6 - миссенс, нонсенс мутации, малые делеции/вставки
• RAX - обнаружено 5 мутаций, две миссенс, две нонсенс и одна - сдвиг рамки считывания.

Литература:

1. Forrester and Merz (2006) Birth Defects Res A Clin Mol Terato 76:187-192.
2. Hagstrom SA et al. (2005) Am J Med Genet (2005) 138(2):95
3. Fantes, J et al (2003) Nature Genetics 33:462
4. Gallardo ME et al., (1999) Genomic 61:82
5. Gallardo, ME et al., (2004) Am J Med Genet 129A:92
6. Bennett CP (1991) J Med Genet 1991;28:280-1
7. Elliott J et al., (1993) 30(3):251-2
8. Wyatt A et al., (2008) Hum Mutat. (2008) 29(11):E278-83
9. Ragge NK et al., (2007) Eye 21(10):1290-300; Bar-Yosef U et al., (2004) Hum Genet 115: 302–309
10. Schneider et al. (2009) Am J Med Genet 149A(12)2706-2715
11. Bakrania et al. (2007) Br J Ophthalmol 91:1471-17476
12. E. Ferda Percin et al., (2000) Nat Genet 25(4):397-401. Aijaz S et al (2004) Invest Ophthalmol Vis Sci. 45(11):3871-6. Ragge NK et al., (2005) Am J Hum Genet. 276(6):1008-22
13. Williamson, KA et al. (2006) Hum Mol Genet 15(9):141

Генетический ДНК анализ причин микрофтальма. Гены микрофтальма

дополнительная информация